Index _ | C | D | F | G | H | I | J | K | L | M | N | O | P | Q | R | S | T | U | V | W | X _ __contains__() (brisc.Pseudobulk method) __eq__() (brisc.Pseudobulk method) __init__() (brisc.DE method) (brisc.Pseudobulk method) (brisc.SingleCell method) __or__() (brisc.Pseudobulk method) C cast_obs() (brisc.Pseudobulk method) (brisc.SingleCell method) cast_var() (brisc.Pseudobulk method) (brisc.SingleCell method) cast_X() (brisc.Pseudobulk method) (brisc.SingleCell method) cell() (brisc.SingleCell method) cluster() (brisc.SingleCell method) concat_obs() (brisc.Pseudobulk method) (brisc.SingleCell method) concat_var() (brisc.Pseudobulk method) (brisc.SingleCell method) copy() (brisc.Pseudobulk method) (brisc.SingleCell method) CPM() (brisc.Pseudobulk method) D DE (class in brisc) DE() (brisc.Pseudobulk method) drop_cell_types() (brisc.Pseudobulk method) drop_obs() (brisc.Pseudobulk method) (brisc.SingleCell method) drop_obsm() (brisc.SingleCell method) drop_obsp() (brisc.SingleCell method) drop_uns() (brisc.SingleCell method) drop_var() (brisc.Pseudobulk method) (brisc.SingleCell method) drop_varm() (brisc.SingleCell method) drop_varp() (brisc.SingleCell method) drop_X() (brisc.SingleCell method) F filter_obs() (brisc.Pseudobulk method) (brisc.SingleCell method) filter_var() (brisc.Pseudobulk method) (brisc.SingleCell method) find_doublets() (brisc.SingleCell method) find_markers() (brisc.SingleCell method) from_sce() (brisc.SingleCell static method) from_seurat() (brisc.SingleCell static method) G gene() (brisc.Pseudobulk method) (brisc.SingleCell method) get_hits() (brisc.DE method) get_num_hits() (brisc.DE method) get_sample_covariates() (brisc.SingleCell method) groups (brisc.DE property) H harmonize() (brisc.SingleCell method) hvg() (brisc.SingleCell method) I items() (brisc.Pseudobulk method) iter_obs() (brisc.Pseudobulk method) iter_var() (brisc.Pseudobulk method) iter_X() (brisc.Pseudobulk method) J join_obs() (brisc.Pseudobulk method) (brisc.SingleCell method) join_var() (brisc.Pseudobulk method) (brisc.SingleCell method) K keys() (brisc.Pseudobulk method) L label_transfer_from() (brisc.SingleCell method) library_size() (brisc.Pseudobulk method) localmap() (brisc.SingleCell method) log_CPM() (brisc.Pseudobulk method) ls() (brisc.SingleCell static method) M make_obs_names_unique() (brisc.SingleCell method) make_var_names_unique() (brisc.SingleCell method) map_obs() (brisc.Pseudobulk method) map_var() (brisc.Pseudobulk method) map_X() (brisc.Pseudobulk method) N neighbors() (brisc.SingleCell method) normalize() (brisc.SingleCell method) num_threads (brisc.Pseudobulk property) (brisc.SingleCell property) O obs (brisc.Pseudobulk property) (brisc.SingleCell property) obs_names (brisc.Pseudobulk property) (brisc.SingleCell property) obsm (brisc.SingleCell property) obsp (brisc.SingleCell property) P pacmap() (brisc.SingleCell method) pca() (brisc.SingleCell method) peek_obs() (brisc.Pseudobulk method) (brisc.SingleCell method) peek_var() (brisc.Pseudobulk method) (brisc.SingleCell method) pipe() (brisc.Pseudobulk method) (brisc.SingleCell method) pipe_obs() (brisc.Pseudobulk method) (brisc.SingleCell method) pipe_obsm() (brisc.SingleCell method) pipe_obsm_key() (brisc.SingleCell method) pipe_obsp() (brisc.SingleCell method) pipe_obsp_key() (brisc.SingleCell method) pipe_uns() (brisc.SingleCell method) pipe_uns_key() (brisc.SingleCell method) pipe_var() (brisc.Pseudobulk method) (brisc.SingleCell method) pipe_varm() (brisc.SingleCell method) pipe_varm_key() (brisc.SingleCell method) pipe_varp() (brisc.SingleCell method) pipe_varp_key() (brisc.SingleCell method) pipe_X() (brisc.Pseudobulk method) (brisc.SingleCell method) plot_embedding() (brisc.SingleCell method) plot_heatmap() (brisc.SingleCell method) plot_localmap() (brisc.SingleCell method) plot_markers() (brisc.SingleCell method) plot_pacmap() (brisc.SingleCell method) plot_umap() (brisc.SingleCell method) plot_volcano() (brisc.DE method) plot_voom() (brisc.DE method) Pseudobulk (class in brisc) pseudobulk() (brisc.SingleCell method) Q qc() (brisc.Pseudobulk method) (brisc.SingleCell method) qc_metrics() (brisc.SingleCell method) R read_obs() (brisc.SingleCell static method) read_obsm() (brisc.SingleCell static method) read_obsp() (brisc.SingleCell static method) read_uns() (brisc.SingleCell static method) read_var() (brisc.SingleCell static method) read_varm() (brisc.SingleCell static method) read_varp() (brisc.SingleCell static method) regress_out() (brisc.Pseudobulk method) rename_cell_types() (brisc.Pseudobulk method) rename_obs() (brisc.Pseudobulk method) (brisc.SingleCell method) rename_obsm() (brisc.SingleCell method) rename_obsp() (brisc.SingleCell method) rename_uns() (brisc.SingleCell method) rename_var() (brisc.Pseudobulk method) (brisc.SingleCell method) rename_varm() (brisc.SingleCell method) rename_varp() (brisc.SingleCell method) S sample() (brisc.Pseudobulk method) save() (brisc.DE method) (brisc.Pseudobulk method) (brisc.SingleCell method) select_cell_types() (brisc.Pseudobulk method) select_obs() (brisc.Pseudobulk method) (brisc.SingleCell method) select_obsm() (brisc.SingleCell method) select_obsp() (brisc.SingleCell method) select_uns() (brisc.SingleCell method) select_var() (brisc.Pseudobulk method) (brisc.SingleCell method) select_varm() (brisc.SingleCell method) select_varp() (brisc.SingleCell method) set_num_threads() (brisc.Pseudobulk method) (brisc.SingleCell method) set_obs_names() (brisc.Pseudobulk method) (brisc.SingleCell method) set_var_names() (brisc.Pseudobulk method) (brisc.SingleCell method) shape (brisc.Pseudobulk property) (brisc.SingleCell property) shared_neighbors() (brisc.SingleCell method) SingleCell (class in brisc) skip_qc() (brisc.SingleCell method) split_by_cell_type() (brisc.Pseudobulk method) split_by_obs() (brisc.SingleCell method) split_by_var() (brisc.SingleCell method) subsample_obs() (brisc.Pseudobulk method) (brisc.SingleCell method) subsample_var() (brisc.Pseudobulk method) (brisc.SingleCell method) T to_df() (brisc.Pseudobulk method) to_scanpy() (brisc.SingleCell method) to_sce() (brisc.SingleCell method) to_seurat() (brisc.SingleCell method) tocsc() (brisc.SingleCell method) tocsr() (brisc.SingleCell method) U umap() (brisc.SingleCell method) uns (brisc.SingleCell property) V values() (brisc.Pseudobulk method) var (brisc.Pseudobulk property) (brisc.SingleCell property) var_names (brisc.Pseudobulk property) (brisc.SingleCell property) varm (brisc.SingleCell property) varp (brisc.SingleCell property) W with_columns_obs() (brisc.Pseudobulk method) (brisc.SingleCell method) with_columns_var() (brisc.Pseudobulk method) (brisc.SingleCell method) with_obsm() (brisc.SingleCell method) with_obsp() (brisc.SingleCell method) with_uns() (brisc.SingleCell method) with_varm() (brisc.SingleCell method) with_varp() (brisc.SingleCell method) X X (brisc.Pseudobulk property) (brisc.SingleCell property)
